Toyota Shirakawa-go Eco-Institute est situé dans le paisible village de Shirakawamura dans la préfecture de Gifu, connue pour ses maisons traditionnelles à toit de chaume et son paysage rural pittoresque. L'hôtel est à environ 3 km de la gare routière de Shirakawa-go et près de la route panoramique Hakusan Shirakawa-go, une route scénique populaire. Le village historique de Shirakawa-go, site du patrimoine mondial de l'UNESCO, se trouve à moins de 5 km. L'aéroport majeur le plus proche est l'aéroport de Komatsu, situé à environ 70 km de l'hôtel.