Unzen Fukudaya est situé dans la ville historique des sources chaudes d'Unzen, dans la préfecture de Nagasaki, connue pour ses onsens thérapeutiques et ses paysages volcaniques pittoresques. L'hôtel se trouve à 5 minutes à pied d'Unzen Jigoku Hell, une célèbre zone de sources chaudes volcaniques, et à environ 5 minutes en voiture de la station de téléphérique d'Unzen, qui offre des vues panoramiques sur la région. Le château de Shimabara, un site culturel notable, est à environ 30 km. L'aéroport de Nagasaki est à environ 60 km de l'hôtel.