Unzen Fukudaya befindet sich in der historischen Stadt Unzen, Präfektur Nagasaki, die für ihre therapeutischen Onsen und malerischen vulkanischen Landschaften bekannt ist. Das Hotel ist 5 Gehminuten von Unzen Jigoku Hell, einem berühmten vulkanischen heißen Quellengebiet, und etwa 5 Minuten mit dem Auto von der Unzen Seilbahnstation entfernt, die Panoramablicke auf die Region bietet. Das Shimabara-Schloss, eine bemerkenswerte Kulturstätte, ist ungefähr 30 km entfernt. Der Flughafen Nagasaki ist etwa 60 km vom Hotel entfernt.