Hacienda San Francisco Tzacalha está ubicada en San Francisco Manzanilla, una tranquila zona rural cerca de Dzidzantún en Yucatán, México. El hotel se encuentra a unos 2 km del mercado municipal de Dzidzantún y a 10 km de la tranquila playa de Santa Clara. Sitios culturales como el sitio arqueológico de Dzibilchaltún y la antigua ciudad maya de Xcambó están a 75 km y 45 km respectivamente. El Aeropuerto Internacional de Mérida está aproximadamente a 95 km de la propiedad.